Воскресенский Ново-Иерусалимский монастырь представляет собой уникальный ансамбль, сформировавшийся на протяжении четырех столетий. Замысел и основание монастыря принадлежали Патриарху Никону, одному из самых ярких деятелей России XVII века. Главный замысел Патриарха Никона в 1656 году состоял в том, чтобы создать в Подмосковье точное подобие знаменитого Иерусалимского храма Воскресения Господня и дать возможность русскому народу созерцать священные места, не подвергаясь дорогостоящему и небезопасному путешествию на Ближний Восток.
По его указанию в Святую Землю отправился ученый иеромонах Троице-Сергиевой лавры Арсений Суханов, который по возвращении из поездки доставил Патриарху чертежи, планы и точную модель храма Воскресения Христова в Иерусалиме, а также чертежи Вифлеемского храма.
Под личным наблюдением Патриарха Никона начались работы по воплощению в жизнь его грандиозного замысла. В 60 км от Москвы возник "Новый Иерусалим" - архитектурно-ландшафтный комплекс, совместивший в себе образы многих палестинских святынь. В центре ансамбля - храм Воскресения Христова, представляющий точное подобие храма в Иерусалиме. Рядом церковь Рождества Христова - напоминание о Вифлееме, месте рождения Спасителя. К северу от обители - село Скудельничье (Микулино), к северо-западу - горы Фавор и Ермон. У стен монастыря - березовая роща, названная Гефсиманским садом. Реку Истру Патриарх Никон переименовал в Иордан, а небольшой ручеек, протекающий у подножья монастырского холма - в поток Кедронский.
Увидеть свой замысел завершенным Никон не успел. Он был осужден Московским Собором 1666 года и сослан на Север, в Ферапонтов монастырь. Строительство Нового Иерусалима надолго приостановилось.
Возобновил работы в 1679 году царь Федор Алексеевич. Он же возвратил Никона из ссылки, но по пути в Москву Патриарх скончался. Его тело было доставлено в Новый Иерусалим и погребено в Иоанно-Предтеченском приделе Воскресенского собора. Строительство монастыря завершилось лишь при императрице Елизавете Петровне. При этом здания монастыря были частично перестроены в стиле барокко.
В XVIII-XIX вв. над созданием ансамбля трудились выдающиеся зодчие: Мичурин, Растрелли, Бланк, Казаков.
В 1919 году монастырь был закрыт, монашескую общину упразднили. В 1920 году на базе монастыря был создан Художественно-исторический музей, ставший в 1922 году государственным, преобразованный в 1935 году в областной краеведческий музей.
Начавший ветшать ещё после закрытия, большой ущерб архитектурному ансамблю был нанесен в годы Великой Отечественной войны. В декабре 1941 года Новый Иерусалим оказался в зоне ожесточенных боев за Москву. Немецкие войска пробыли в Истре всего две недели, но при отступлении 10 декабря 1941 г. саперы дивизии СС "Райх" взорвали ротонду, Крестовую часть церкви и колокольню Воскресенского собора, башни ограды, Трапезные палаты, надвратную Входоиерусалимскую церковь; сожгли другие постройки. Погибла часть находившихся в экспозиции материалов. Часть экспонатов ризницы и основные художественные коллекции были эвакуированы и потому сохранились. Факт уничтожения Ново-Иерусалимского монастыря фигурировал на Нюрнбергском процессе как одно из преступлений фашизма перед русским народом и человечеством.
Восстановительные работы на руинах начались сразу, в 1942 году, невзирая на то, что шла война, и продолжались, с перерывами, всю вторую половину XX столетия. К началу 1990-х гг. темпы реставрации в монастыре значительно снизились: начался развал реставрационных организаций; сократилось, а затем и прекратилось финансирование работ.
В 1994 году, спустя 75 лет после закрытия, Воскресенский Ново-Иерусалимский монастырь был передан Русской Православной церкви, и в нем возобновилась монашеская жизнь.
В июле 2008 года в монастыре произошло событие - его посетили Президент России Медведев Д.А. и Святейший Патриарх Алексий II, они осмотрели обитель, оценили ее состояние и, убедившись что возрождение монастыря потребует от страны значительных усилий, приняли совместное решение создать Благотворительный фонд по восстановлению Воскресенского Ново-Иерусалимского монастыря и согласились стать сопредседателями его Попечительского совета.
Ныне Попечительский совет Фонда возглавляют - Патриарх Московский и всея Руси Кирилл и Председатель Правительства Российской Федерации Д.А.Медведев, Совет Фонда возглавляет Председатель Совета директоров ПАО "Газпром" В.А.Зубков.
Восстановление Воскресенского Ново-Иерусалимского монастыря стало крупнейшим совместным проектом государства, Русской Православной церкви и общества.
Финансирование реставрационных работ осуществлялось за счет средств федерального бюджета, благотворительных пожертвований юридических и физических лиц.
Необычным, возникшим в ходе работы над проектом инструментом принятия решений и контроля над их исполнением, стал принцип полной открытости работ по проекту перед российским обществом. Подробная информация о ходе восстановления монастыря, благотворителях и расходовании собранных денежных средств в постоянном режиме представлялась на официальном сайте Фонда. Там же каждый желающий мог следить за ходом работ в режиме реального времени: в основных точках монастыря были установлены веб-камеры, которые вели транслирование онлайн.
Самыми масштабными и уникальными стали работы по Собору Воскресения Господня с подземной церковью святых Константина и Елены.
Так, из руин восстановлена Колокольня XVII века, которая была практически полностью уничтожена при взрыве в 1941 году. Специалистами реализованы сложные технологические процессы по вывешиванию сохранившейся части древнего иконостаса, весом более 19 тонн, и созданием под колокольней твердого скального основания для обеспечения устойчивости здания.
Особую сложность представляло и устройство шатра над ротондой. В соответствии с условиями проекта потребовалось заготовить более 80 брусьев качественной цельной древесины, длиной 24 метра. В ходе реализации проекта были решены сложнейшие вопросы подготовки древесины, ее транспортировки, изготовления и монтажа конструкций.
Реставрационные работы в Воскресенском соборе длились 5 лет и завершились в конце 2015 года, 8 мая 2016 года состоялось торжественное событие - Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл совершил чин его Великого освящения.
Полномасштабные мероприятия на объектах монастыря были начаты в 2009 году и завершены в 2017 году.
За прошедшее время выполнена колоссальная работа: проведена комплексная научная реставрация 29 объектов монастыря, начиная от укрепления фундаментов, заканчивая воссозданием интерьеров и художественных полотен; создана мощная инженерная инфраструктура, простроены газовая котельная и электрическая подстанция, проложены внутриплощадочные сети; объекты монастыря обеспечены современными автоматизированными системами пожаротушения и охраны.
Воскресенский Ново-Иерусалимский монастырь воссоздан усилиями всех, кто дорожит историей Отечества, его национальным, культурным и духовным достоянием, величием Православной церкви.